I.   Le rétablissement d'une justice professionnelle et hiérarchisée. 

1.     Les magistrats du siège.

L'Ancien Régime est marqué essentiellement par la théorie des officiers et le caractère patrimonial de ces offices. La Révolution a mis un terme à cette pratique et a organisé un recrutement des magistrats selon des modalités sélectives. L'axe principal est de rétablir progressivement pour les magistrats du siège un caractère professionnel. Par toute une série de mesure, sera exigé par exemple pour les candidats, le diplôme de la licence en droit délivré par les écoles de droit rétablies en 1802.

A partir de 1810, il y a nécessité d'avoir fait un stage en tant qu'avocat pendant au moins deux ans. Le costume de la magistrature est rétablie en 1802, cela provient des anciens membres du parlement de Paris. On institue les juges auditeurs en 1808, ce qui permet de donner un apprentissage professionnel aux magistrats. En 1810, est fixé un statut disciplinaire: l'ensemble du personnel judiciaire étant placé sous l'autorité disciplinaire de la Cour de Cassation et du ministre de la Justice. 

En pratique, ce pouvoir disciplinaire est dévolu aux procureurs impériaux et aux procureurs généraux près la Cour d'Appel. Enfin, le principe de l'inamovibilité de la magistrature est posé par la constitution de l'an VIII. Dans la pratique, ce principe s'applique au juge du siège. La moitié des conseillers de la Cour d'Appel de Paris ont été épurés en 1810 et 1811.

2.     Le ministère public.

La loi de 1811 établit un système hiérarchisé, il y a un commissaire de gouvernement assisté d'un substitut auprès de chaque tribunal d'arrondissement et il y a un commissaire général auprès de chaque tribunal d'appel avec autorité hiérarchique. Tous ces magistrats constituent le parquet qui est responsable de la sûreté publique, du maintien de l'ordre, de la direction de la police judiciaire.

Le parquet a autorité sur les différents ordres publics qui concurrent au maintien public: le juge de paix, de la gendarmerie, le commissaire de police et la mairie. Il contrôle tous les agents publics et maintient l'ordre. Le ministère public délivre à cette époque les mandats de dépôts pour procéder à l'arrestation des prévenus et à leur incarcération. Enfin, il intervient par des requêtes ou observations orales à chaque phase de la procédure d'instruction et de jugement. 

3.     Les auxiliaires de justice.

La Révolution avait abolit les privilèges et monopoles, les statuts particuliers des auxiliaires de justice. Napoléon a jugé nécessaire de réorganiser ces différents corps afin d'assurer l'encadrement de ces milieux judiciaires dont il se méfie. S'agissant des avocats, la loi de 1804 a établit le tableau des avocats auprès de chaque tribunal. Ils sont soumis à un régime disciplinaire stricte. Ils doivent procéder à un stage, prêter serment devant les juridictions de ne rien dire ou publier qui soit différent de la loi ou des bonnes moeurs. Ils jurent de ne jamais s'écarter du respect dû aux tribunaux et aux autorités publiques. 

Un décret de 1810 constitue auprès de chaque tribunal un ordre des avocats qui jure la discipline et organise un système de consultation. L'ordre est dirigé par un bâtonnier choisit par le procureur général parmi les membres du Conseil de l'ordre. Le conseil est également désigné par le procureur général et choisit parmi les plus grands avocats sur présentation d'une liste double par tous les avocats. 

S'agissant des avoués qui correspondent aux procureurs sous un régime c'est à dire des juristes qui accomplissent au nom du plaideur les actes de procédure. Ils sont rétablis en 1801 et répartis par chambre. Le notariat voit ses fonctions précisées en 1803. Certaines conditions de capacité sont exigées: il faut avoir été clerc avant notaire pendant 5 ans et premier clerc pendant au moins un an . Les huissiers sont organisés à partir de 1813 en chambres disciplinaires. 

II.    Les juridictions civiles.

Le juge de paix crée par la Révolution est maintenu durant la période napoléonienne, il garde son rôle de conciliateur et de juge pour les affaires minimes au niveau du canton. Il perd cependant l'une de ses fonctions: le magistrat de sûreté. Le tribunal civil de droit commun après avoir été établi au niveau du district en 1791 puis du département avec la constitution de l'an III. Il est désormais installé au niveau de l'arrondissement, il est composé d'au moins 10 juges et il est en matière pénal le tribunal correctionnel. 

La création principale des régimes réside dans les juridictions d'appel qui jugent au second degré les affaires déjà examinées par un tribunal civil ou correctionnel. Ces tribunaux d'appel sont assez proches de ceux prévus dans les dernières réformes judiciaires de l'Ancien Régime. Leur ressort s'étend à plusieurs départements , généralement 3 à 5. Au départ, ils sont 27 tribunaux d'appel puis cela augmente avec les conquêtes militaires. Ils se sont installés de les villes de tradition parlementaire. Le tribunal de cassation crée en 1790 est maintenu. Une loi de 1810 rétablit les anciennes dénomination de Cour. 

III.    Les juridictions répressives. 

1.     De droit commun.

Il y a d'abord le tribunal de simple police qui juge la paix au niveau cantonal. Au niveau du canton, se trouve le tribunal de police présidé par le juge de paix. Au niveau de l'arrondissement, le tribunal correctionnel. Au niveau départemental, se trouve le tribunal criminel qui devient Cour d'Assise en 1810: il est composé d'un président qui choisit parmi les juges du tribunal d'appel, puis il y a des juges ascenseurs choisis parmi les tribunaux d'arrondissement. Ce tribunal criminel tient des sessions trimestriel. 

2.     D'exception.

La constitution de l'an VIII avait mentionné l'existence d'une haute cour: mais elle n'a jamais fonctionné. Les tribunaux criminels spéciaux, ils ont été institués en 1801 à la discrétion du gouvernement. L'esprit de cette institution rappelle celui des juridictions prévôtales de l'Ancien Régime devant lequel la procédure était expéditive et destiné à éliminer principalement. 

Ces tribunaux agissent avec sévérité contres les bandes armées qui agissaient à la faveur de l'anarchie révolutionnaire. Ils sont composés de 3 juges civiles, de 3 officiers de l'armée et de deux citoyens. Ils sont présent dans plus de 30 départements. Ils fonctionnent selon une procédure simplifiée et accélérée à l'image d'une juridiction prévôtale de l'ancien régime caractérisé par l'adage "aussitôt pris, aussitôt pendu"! 

Les commissions militaires extraordinaires sont organisées pour lutter contre les résistants nationalistes dans un pays conquis occupée par l'armée française tels l'Allemagne, l'Espagne. Elles ont été organisées en France, même pour éliminer des personnes dangereuses pour le régime. Elles ont condamné à mort le Duc d'Enghein membre de la famille royale. 

A la marge, l'organisation d'une véritable répression administrative, il s'agit de toutes les arrestations administratives légalisées en 1810 et qui se font à l'initiative du chef de l'état. Les personnes arrêtées étant détenues en prison d'Etat. Il y a un milliers de détenus en 1814 dont Pie VII qui est détenue au château de Fontainebleau ou la famille royale espagnole à Valençay. L'article 46 de la constitution de l'an VIII donne le pouvoir au préfet de Police de Paris et des départements pour procéder directement à l'arrestation des personnes dangereuses pour la sûreté de l'Etat.